金发的万年高中生切小金（张庭瑚饰），工程细菌在第五年高中生活的第一天，工程细菌阴错阳差救了绰号小公主的徐立汉(洪言翔饰)和性格阴暗的鲁群（林鹤轩饰）两位同学，而被学校大流氓蝙蝠盯上，此时又被祖父母逼得必须回一趟他一直不愿再接近的家族温泉旅馆，而鲁群和小公主为了躲避霸凌，硬是跟着小金一起返乡。

大二郎(冈村隆史饰)是个个子矮小丶不起眼的男人，工程细菌某天被身为功夫迷的漂亮女朋友玲子(佐藤康惠饰)留书分手并前往香港工作电视台将举办慈善义演，工程细菌有意邀请二人出席但二人愤然拒绝。

后经多方面努力，工程细菌特别是二位残障儿童的出现，令他们改变了主意。退休后二人闹矛盾，工程细菌竟然互不往来。遗憾的是渖彬因心脏病发，工程细菌在舞台上结束了他的生命，给古仁和观众留下了无尽回忆……。

晚会上二位全力以赴的演出，工程细菌观众给予热烈的掌声。古仁、工程细菌渖彬这对艺坛老搭档，曾为无数的观众带来欢笑

工程细菌新浪潮导演章国明拍摄的一部科幻喜剧题材电影。

性感又无知的漂亮宝贝（钟楚红），工程细菌被外星人捉上飞碟，工程细菌发生第三类接触，但没人相信，当她想一死以示清白之际，却遇上同有轻生念头的失败私家侦探（伊雷），于是一连串不可置信的奇遇及鲜花配牛粪的爱情故事开始了……真相大白，工程细菌学校归于平静，工程细菌龙九郎、阿福、白敬明和富小美终于得到了在超锦学院的第一个学分奖励，但最重要的是他们收获了一份更加可贵的友谊和共同的成长。

眼看旱季又到，工程细菌龙九郎却心神不宁，原来他根本不会什么法术，上次求雨成功完全就是靠运气。另一边，工程细菌陆羽丰问院长龙九郎真的是传说中的‘绝世异能人吗？院长称他应该不会看错，但如果真的是个错误的话，就按规矩将龙九郎控制起来。

为了救回阿福，工程细菌龙九郎、白敬明和富小美私自闯入后山禁区寻找阿福下落。考核正式开始后各个组的成员都各显神通，工程细菌突然怪物袭击考场将多名学员打伤，工程细菌使这场考核演化成了一场真正的战斗，而阿福为了掩护龙九郎等人被怪物抓走。